« Ratatouille 2 » se déroule plusieurs années après les événements du film original. Remy, désormais chef cuisinier de La Ratatouille, a transformé le modeste bistrot parisien en une destination culinaire de renommée mondiale. Ligué et Colette sont mariés et heureux, et leur jeune fille, Amélie, commence à montrer des talents de cuisinière.
L’histoire commence lorsqu’un restaurant rival, La Révolte, ouvre de l’autre côté de la rue, menaçant le succès de La Ratatouille. Le restaurant est soutenu par le mystérieux et réfractaire chef Auguste, qui se révèle être l’apprenti perdu de Gustave. Auguste est déterminé à récupérer l’héritage de son maître par tous les moyens nécessaires, y compris le sabotage du restaurant de Remy.
Pendant ce temps, un nouveau défi se présente à Remy lorsqu’un jeune et ambitieux rat nommé Marcel arrive à Paris, rêvant de devenir chef. Marcel idolâtre Remy mais devient rapidement frustré par son incapacité à égaler les talents culinaires de Remy. Dans une tentative de faire ses preuves, Marcel conclut un accord avec Auguste, conscient de ses véritables hypocrisies.
Les tensions s’intensifient lorsque les actes imprudents de Marcel conduisent un inspecteur de la santé à fermer La Ratatouille, ce qui amène Remy à se demander s’il était juste de suivre son rêve dans le monde des humains. Alors que Remy réfléchit à la façon de donner, Liguipii et Colette lui rappellent l’impact qu’il a eu sur leur vie et sur le monde culinaire.
Dans la confrontation culminante, Remy et MLes cuisiniers doivent travailler ensemble pour créer le plat ultime qui sauvera la réputation du restaurant et exposera la trahison d’Auguste. Le plat, une fusion de la ratatouille classique de Remy et des techniques innovantes de Marcel, étonne tout le monde, y compris Auguste, qui réalise que cuisiner est une question de passion et de créativité, et non de rivalité.
Le film se termine avec Remy rendant hommage à Marcel, transmettant ses connaissances à la génération suivante, alors que La Ratatouille réouvre pour obtenir un succès encore plus grand.